La manera de solucionarlo es muy sencilla. Se trata que quitar todos los accesos directos que relacionen a flex con el comando CONTROL SHIFT R. Para ello nos vamos a Properties/General/keys. En la lista que aparece ordenamos por el comando y nos fijamos en ese en concreto. Deberían venir unos tres registros. Nos cargamos los relacionados con flex y dejamos el otro. De esta manera ya podemos abrir con este comando cualquier fichero de flex, java, javascript, etc.
